城市在恢復(fù)平靜后，大反派重新召集舊部卷土重來(lái)，并勾結(jié)外星惡勢(shì)力朗格試圖稱霸地球，忍者神龜萊昂納多（皮特·普勞澤克 Pete Ploszek 飾）、拉斐爾（阿蘭·里奇森 Alan Ritchson 飾）、多納泰羅（杰瑞米·霍華德 Jeremy Howard 飾）和米開朗基羅（諾爾·費(fèi)舍 Noel Fisher 飾）與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）、韋恩·芬威克（威爾·阿奈特 Will Arnett 飾），及面具義警凱西·瓊斯（斯蒂芬·阿梅爾 Stephen Amell 飾）并肩作戰(zhàn)打擊惡徒。在史萊德（布萊恩·泰 Brian Tee 飾）逃脫拘留后，他與瘋狂的科學(xué)家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 飾）及其兩個(gè)笨拙的左膀右臂豬面和牛頭聯(lián)合，發(fā)布了一個(gè)控制世界的惡魔計(jì)劃。在神龜們與史萊德及其同伙對(duì)抗的同時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)自己正面臨著一個(gè)更邪惡的力量大反派格朗，神龜們面對(duì)的將是宇宙級(jí)的強(qiáng)大對(duì)手。